La Comisión impulsa su tarea mediante la constitución de grupos de trabajo. Los Grupos de trabajo son los siguientes:

GT-BTA: Creación de la Base Topográfica Armonizada. La versión 1.0 fue aprobada por la Comisión Técnica Permanente del Consejo Superior Geográfico en su reunión del 4 de noviembre de 2008. Superada esta primera fase el grupo se dedica a la actualización y compleción de la misma introduciendo mejoras en el modelo de datos a la vez que se aprovecha para corregir deficiencias de la versión 1.0 reportadas por productores y usuarios. El proceso se lleva a cabo con la mirada puesta sobre los documentos generados en el desarrollo e implantación de la directiva europea INSPIRE y teniendo en cuenta los cambios de la versión 1.1 del NEM (Núcleo Español de Metadatos).
GT-BTU: Creación de la Base Topográfica Urbana. Redacción de las especificaciones técnicas, catálogo y diccionario de fenómenos y modelo de datos de una base topográfica armonizada para escalas urbanas a nivel de España. El proceso se desarrolla teniendo en cuenta el precedente de la BTA v1.0 y los cambios que se están gestando para la nueva versión y se enmarca dentro del contexto normativo ISO e INSPIRE.
GT-Cases: Establecimiento de un protocolo de actuación en cuanto a la definición y case de los distintos bloques previstos en la BTA y desarrollo de los procedimientos de case entre los fenómenos geográficos al llegar a la frontera entre dos CCAA de forma que el producto final sea una base de datos de información geoespacial continua.